Chữ "Huyền" có nguồn gốc từ câu cuối chương 1 trong Đạo Đức kinh của Lão Tử, "Huyền chi hựu huyền, chúng diệu chi môn". Từ cuối thời Đông Hán đến triều đại nhà Tấn, Nho gia chính thống bắt đầu bị nghi ngờ, trào lưu này chuyển hướng từ Nho gia sang Đạo gia.

Vào thời Ngụy Tấn, huyền học là chỉ phương diện lời nói, việc làm mang hàm ý sâu xa, khoáng đạt, mang hơi hướng "Bản thể luận". Các nhân vật đại biểu có Hà Yến, Vương Bật, Nguyễn Tịch, Kê Khang, Hướng Tú, Quách Tượng.

Vào thời Nam Bắc triều, Tống Minh Đế của Lưu Tống xếp Huyền học song song với Nho học, Văn học, Sử học, trở thành "Tứ khoa". Tuy nhiên, thời kỳ này huyền học đã không còn những phát kiến mới, sau Liệt Tử chú của Trương Trạm, các học giả của trào lưu này gần như chỉ thảo luận các luận điểm mà tiền nhân đã lưu lại; sau khi Phật giáo truyền vào Trung Quốc, Huyền học dần đi đến thoái trào.